2005?in olay yaratan animasyonu Madagascar'ın merakla beklenen devamında Alex, Marty, Melman, Gloria, Kral Julien, Maurice, penguenler ve şempanzeler, kendilerini devasa ada Madagaskar sahillerine çıkmış bulurlar. New York?lu kahramanlarımız bu engeli aşmak için işleyeceğini düşündükleri bir plan geliştirmişlerdir. Yere çakılmış eski bir uçağı ele alan penguenler, bu uçağı adeta askeri bir doğrulukta tamir ederler. Uçağa bindiklerinde Afrika?nın uçsuz bucaksız düzlüklerini dolaşıp her noktayı görecek kadar uzun zaman havada kalmayı başaramazlar. New York?taki hayvanat bahçesinde doğup büyümüş kahramanlarımız, Afrika macerasında hayatlarında ilk defa kendi cinslerinden hayvanlarla karşılaşacaktır. Afrika çok geniş ve büyük bir yer gibi gözükmektedir. Peki ama Central Park?taki kendi yuvalarından daha iyi ve daha güvenli midir?